El equipo permite aislar regiones específicas de una muestra, ya sean laminillas con secciones de tejido fijado o células vivas en crecimiento. El láser de alta energía de este microscopio puede cortar y aislar secciones de una muestra sin necesidad de entrar en contacto con ellas, disminuyendo el riesgo de contaminación. El PALM también cuenta con pinzas ópticas que permiten la micromanipulación de células in vitro a través de láseres de baja energía.